Sie sind zumindest anders beschaltet, die beiden AR8035-A, die man von den meisten 7490 her kennt.
Außerdem würde ich mal tippen, daß es noch eine Rolle spielt, ob ein Ethernet-Kabel in dem betreffenden Port steckte, als die Überspannung induziert wurde - denn man kann wohl mit einiger Berechtigung annehmen, daß in so einem Falle die Spannung in der "langen Antenne" in Form des Kabel induziert wird und über das PCB der Box abgeleitet wird durch einen entsprechenden Stromfluß gegen Masse/Erde.
Wobei ich noch nicht einmal bei allen Boxen darauf tippen würde, daß tatsächlich der Schaden im PHY selbst liegt ... schließlich sitzt davor ja (absichtlich) noch ein Übertrager, der für die galvanische Trennung der Leitung vom PCB zuständig ist (für LAN1 auf der Bestückungsseite, für die anderen drei auf der "Rückseite"). Ich habe bisher welche von Würth Elektronik und von Delta auf den 7490-Platinen gesehen ... ich halte es auch für denkbar, daß so eine Spannungsspitze nur die Isolation zwischen einem Leitungspaar (die analoge Übertragung erfolgt ja differentiell - drei Kontakte für Masse (Mitte), Plus und Minus) durchgeschlagen hat und der PHY dort jetzt "Kurzschluß" kriegt. Das ist aber auch nur Spekulation, weil ich zum SMD-Löten zu alt bin und es nie probiert habe bei so einer "Leiche".
Wobei mich mal interessieren würde, ob eher WE- oder eher Delta-Übertrager betroffen sind, wenn solche Boxen mit einem "PHY-Schaden" enden (die frühen hatten wohl Delta, heute eher WE?) ... der AR8035-A als EXT-PHY ist ja m.W. bei allen 7490 derselbe, oder? Zumindest finde ich es immer etwas ungewöhnlich, wenn dem SoC auf dem Board, das ja die PHYs für die beiden ersten GbE-Ports enthält, ansonsten nichts weiter passiert zu sein scheint - so ein Überschlag (wenn die Spannungsspitze tatsächlich vom Übertrager auf der anderen Seite auch "erzeugt" wurde) sucht sich ja den Weg des geringsten Widerstands und da können schon Abweichungen in der Dotierung im "atomaren Maßstab" den Unterschied machen.
Ich kann (aus eigener Erfahrung) jedenfalls behaupten, daß die Leute tatsächlich dazu neigen, die Ports "aufsteigend" zu belegen, wenn sie die Kabel reinstecken (ähnlich wie beim "menschlichen Nummerieren" von Subnetzen, das auch sehr oft mit glatten Dezimalzahlen erfolgt, obwohl hier binäre Bezüge viel sinnvoller sind, schon wegen der Masken-Bits) ... und dann leuchtet das mit dem eingesteckten Kabel zwar für LAN4 auf den allerersten Blick auch nicht unbedingt ein, aber das ist immerhin der Port, der sich auf "Gastzugang" schalten läßt und damit (gerade bei einer Installation im Keller eines EFH) eher mit einem zweiten Kabel benutzt werden dürfte, als LAN2 oder LAN3. In so einer Umgebung kommen vermutlich auch erst die notwendigen Leitungslängen bzw. das "Nebeneinander" verschiedener Kabel in einem Leerrohr oder Kanal zusammen, die für einen solchen Induktionsschaden meist benötigt werden, solange es sich nicht um einen "direkten Treffer" handelt (und dann ginge wohl mehr als nur die FRITZ!Box dabei drauf).
Bei einer Installation, wo irgendein PC mit 2m CatX-Kabel an die Box angeschlossen ist, schätze ich das Risiko eines "Blitzschadens" bei einem Einschlag in halbwegs passabler Entfernung eher als gering ein, wobei natürlich auch noch ein Ausgleichstrom zwischen den beiden verbundenen Geräten zustandekommen wird und da sollte man ja dann eigentlich erwarten, daß zusammen mit so einer FRITZ!Box auch noch das andere Gerät "gegrillt" würde ... ich habe aber bisher eher selten Berichte gelesen/gehört, daß da auch noch ein PC, Laptop, Switch (o.ä.) betroffen war - auch wenn Laptops vielleicht desöfteren nicht am anderen Ende eines "losen Kabels" stecken, was dann trotzdem noch als "Antenne" für die FRITZ!Box dient.
Ich halte so eine Beobachtung, daß eher LAN4 als LAN3 betroffen ist, jedenfalls für plausibel ... nur vermute ich mal, daß sich AVM dafür gar nicht interessieren wird. Solange die Boards nicht sterben wie die Fliegen (wofür die 7490 nach meiner Ansicht eher nicht bekannt ist), ist der Ersatz der Box vermutlich immer preisgünstiger (zumindest für den Hersteller und der ist bei Überspannungsschäden meist nicht einmal "in der Pflicht") als ein Reparaturversuch.