Phoner kann ebenfalls mehrere Profile anlegen. Die Einstellungen sind sogar identisch (sipper.ini). In dieser Beziehung gibt es also nichts Neues.
Ja, die Passwörter sind unverschlüsselt. Das eigentliche Problem sehe ich darin, wenn überhaupt jemand unbefugtes Zugang zu diesen Dateien bekommt. Eine primitive Verschlüsselung würde die Zeit nur etwas verlängern, aber niemand ernsthaft aufhalten können.