Die Datei bleibt auch in /var/flash nicht nach einem Neustart der Box erhalten. Und Du schreibst, daß Du sie von /etc nach /var/flash kopierst, sie würde also sowieso überschrieben. Die anderen Pakete erstellen die Konfigurationsdatei bei jedem Start neu aus den gespeicherten Einstellungen.
Das einfachste wäre, wenn das Programm bereits eine Option hat, auf syslog auszugeben. Das löst zwar nicht das generelle Problem mit der Größe, aber dann kann man das wenigstens an einer Stelle lösen, statt sich um jedes Programm einzeln kümmern zu müssen. Andererseits kannst Du auch mal schauen, ob wirklich soviel Volumen anfällt, daß es nötig ist, sich darüber Gedanken zu machen.