Ich weiß gar nicht, ob der "vpnc" unter Linux überhaupt die Transform-Möglichkeiten des IP-Stacks benutzt. Unter Windows stellt sich die Frage nicht.
Auch ist das halt alles die Gegenrichtung bei einer LAN2User-Verbindung, was Du da anführst (also die "user"-Seite) ... da macht es ja auch Sinn, wenn es eine Route für das entfernte Netz über das VPN-Interface gibt, so eine "link local"-Route ist ja i.d.R. schon das (automatische) Ergebnis der Zuweisung einer IP-Adresse an das Interface - wobei lange nicht alle IPSec-Clients auch mit einem dedizierten Interface arbeiten, die AVM-Version für Windows klinkt sich als Filter in den IP-Stack ein und selektiert auch dort die Daten aus (auch hier wieder über einen "accesslist"-Eintrag in der Konfiguration ;-)), die über den Tunnel zum Peer gehen sollten.
Ansonsten hat das mit Tunnel- vs. Transport-Mode auch nicht unbedingt etwas zu tun, die Transformationen kann man für beide Modi nutzen (aus dem Gedächtnis, ggf. selbst nachlesen).
Generell wäre als Quelle oder zum Nachschlagen am ehesten das StrongSwan-Wiki zu empfehlen oder ein recht ausführliches Werk zu VPNs an sich (vom O'Reilly-Verlag, wenn ich mich recht erinnere) ... aber letzteres ist eher schon älter, wobei sich an den Prinzipien ja nicht so viel verändert hat, nur an den Schnittstellen, wo diese in moderneren Systemen ansetzen können.
