Im Diff sind schon mal etliche Zeilen "Only in freetz/freetz-1.1.3/build/modified/filesystem/etc". Ich vermute mal, daß es alle Symlinks sind, die fehlen.
Es ist übrigens empfehlenswert, das Verzeichnis dl auf einen anderen Ort hin zu verlinken, dann werden die Download-Dateien nicht jedes Mal neu geladen.
Die Frage ist jetzt, warum diese fehlen. Möglicherweise ein Problem mit fakeroot?