Moeglicherweise hast du keine ExecCGI Definition für das cgi-bin?
Mehr sollte es eigentlich nicht brauchen.
Code:
<Directory ./cgi-bin>
Options ExecCGI
AllowOverride None
</Directory>
ScriptAlias /cgi-bin/ /var/media/ftp/................./cgi-bin/
Action php-script /cgi-bin/php
AddHandler php-script .php
Mehr sollte es eigentlich nicht brauchen.