Heißt das, wenn eins der Netze nicht mehr den fritz.box Suffix hat, wird es mit dem sekundären DNS-Server funktionieren?
Prinzipiell ja, aber so einfach ist es auch nicht. Dazu später mehr.
Gibt es eine Methode, den DNS-Suffix in der Fritzbox zu ändern?
Nein. Und es hilft dir auch nicht.
Es geht nicht so einfach, lokal einen DNS Server für eine spezifische Domain vorzugeben. Wenn die Fritzbox das andere Ende des VPNs finden soll, musst du den offiziellen Weg durch den DNS Dschungel gehen.
Ich nenne die beiden Endpunkte der VPN-Verbindung einfach mal Standort1 und Standort2. Das macht es einfacher. Wenn du von Standort1 die Hostnamen an Standort2 auflösen willst, müssen die Nameserver an Standort1 natürlich einen Grund haben, bei Standort2 zu suchen. Wie aber finden sie Standort2 überhaupt? Dafür sorgt halt das DNS System. Problem: Du musst DNS-Server zur Verfügung stellen, die zu diesem System passen, vor allem sogenannte authorative DNS-Server, als Server, die sich für die Namensauflösung eines Standortes zuständig fühlen und auch gefunden werden können.
In deinem Fall heißt das, du brauchst eine Domain, die die Nameserver von Standort1 fragen können. Nehmen wir an, du hast eine Domain bei einem deutschen Hoster, "deinedomain.de". Jetzt kannst du bei diesem Hoster selber standort1.deinedomain.de als Subdomain einrichten, und dafür Nameserver festlegen. Gleiches gilt für standort2.deinedomain.de. Diese Nameserver können z.B. auf einem VPS laufen, sie können aber auch lokal in den Heimnetzen der jeweiligen Wohnungen Standort1 und Standort2 stehen. Das sind nun die authorative Nameserver für deine beiden VPN Endpunkte. Jetzt musst du noch dafür sorgen, dass diese beiden Nameserver auch die Hosts der jeweiligen Standorte kennen. Da müsste ich mal schauen, wie sowas geht. Vielleicht können sie die Fritz!Box fragen, oder sie scannen einfach selber regelmäßig das Netz und halten eine Liste vor. Oder man ersetzt den DHCP Server der Fritz!Box.
Wenn du das alles sauber umgesetzt hast, kannst du von Standort1 aus ein NAS an Standort2 finden. Du gibst nas.standort2.deinedeomain.de ein, die Fritz!Box findet deinen DNS-Server beim Hoster für deinedomain.de, der fragt bei Standort2 nach, bekommt eine Antwort und schickt sie zurück. Allerdings mache ich dich darauf aufmerksam, dass das Aufsetzen und vor allem das Warten eines authorative Nameservers nicht trivial ist. DNS ist ein großes Einfallstor für Schadsoftware, das erfordert einiges an Pflegeaufwand. Eigentlich müsstest du DNSSEC sowohl für deine Domain als auch für die beiden Subdomains einrichten, das ist tricky. Im Grund musst du da täglich draufschauen, ob alles in Ordnung ist. Und die Verknüpfung eines solchen Servers mit deiner Fritz!Box wird vermutlich Gefrickel, sodass man darüber nachdenken sollte, den DHCP Server der Box komplett zu ersetzen.