Ich glaube, ein paar Grundlagen IP-routing könnten nicht schaden.
Die Fritzboxen kümmern sich um ihre lokalen Subnetze. Die werden natürlich übers AVM VPN gekoppelt und die Routen dafür eingerichtet. Aber der wireguard Client ist natürlich ein Fremdling, da er sich ja nicht im Netz einer der beiden Fritzboxen befindet. D.h., DU musst dafür sorgen, dass beide Fritzboxen ihn kennen, und DU musst dafür sorgen, dass auch der wireguard Client alle erforderlichen Routen hat. Natürlich musst du davor schon dafür gesorgt haben, dass alle Subnetze sauber voneinander getrennt sind.
Übrigens würde ich bei dem wireguard Tunnel dem wireguard deamon das Routing überlassen, sprich die entsprechenden Einträge in die Konfig machen. Weil sonst bekommst du ggf auch Probleme, weil die Netze nicht auf der Liste der "allowed Networks" stehen. Auf Seite der Fritzbox2 musst du natürlich von Hand die entsprechenden Routen eintragen, z.B. in den IP Settings der Fritzbox. Gateway ist da natürlich fritzbox1.