Hatte ich schon vermutet, nur fand ich es komisch, dass es ohne die dev libusb richtig funktionierte, und habe deswegen weiter probiert.
../sane-backends/libtool existiert.
Ich hänge mal die config.log ran, soviel ich erkennen kann haben die LDFLAGS keine Argumente, CFLAGS und CPPFLAGS dagegen...