Mit "quote" werden afaik die Befehle an den Bootloader geschickt, d.h. nicht dein FTP-Client unterstützt den GO-Befehl nicht, sondern der FTP-Server im Bootloader.
Was Du versuchen könntest, wäre, eine serielle Konsole anzubringen. Dort kannst Du dann vor dem Booten alle Variablen starten und...